いまいち意味が分からないんですが・・・
一応書いておくと、『男主人公から女主人公』・『女主人公から男主人公』の引継ぎでも「装備品・LV」含め、全ての引継ぎはちゃんと行われます。

『男主人公から女主人公に引継ぎ』・『女主人公から男主人公に引継ぎ』どちらの場合でも引き継げる項目は同じです。周回を重ねた場合は、周回した分のデータが全て引き継がれます。
あなたが言う、「1周目の男主人公のデータ」は既に「2周目の女主人公のデータ」に引き継がれています。この場合次の周回は「2周目の女主人公のデータ」を「3週目の男主人公のデータ」に引き継ぐ、という形になります。

当然ですが、「2周目の女主人公のデータ」でペルソナ全書の内容を変更した場合は変更後の状態で引継ぎが行われます。つまり、1周目のデータへの上書きです。
上書きされたデータは元には戻りません。この場合、もう一度作り直して登録するしかありません。


分かり難い説明だと思うので、疑問点等あれば気軽に聞いてください。
用が済んだ質問はちゃんと閉じましょう。