たぶん使い方の問題だと思います。
ポケモンは、バトルをくりかえして経験値を得るとレベルアップしますが、その時にどれくらい能力があがってくれるか?が強くなるかどうかにかかわってきますよね。能力は、俗に「努力値」と呼ばれている表面的には見えない数をたくさん入手するほどレベルUPした時にあがりやすくなることになっています。
ですから、できるだけ弱い相手をたくさんたおした方が努力値を多くえられるので、強いポケモンになりやすいわけです。
例えば、レベルの低いジグザグマをゲットしたとします。普通にバトルして育てると、それなりの努力値も入手しながら成長していきます。
しかし、そのジグザグマに学習装置をもたせて、たとえば四天王にチャレンジしに行ったとします。味方の強いポケモンが四天王に勝つたびに、ジグザグマにもたいへん多くの経験値がもらえます。どんどんレベルUPするわけですが、こういう育て方をすると、努力値はほとんど入手できないままになってしまうわけです。ジグザグマはレベルだけ高い、あまり強くないポケモンになってしまうわけです。このような学習装置の使い方は、まぁ、へたくそ・・ということになります。
しかし、努力値を前もって最高まで上げてしまっている場合は話しが違ってきます。
たとえば、タウリンやリゾリウムのようなアイテムをどんどん与えて、がんばリボンをもらってしまうようなポケモンの場合には、すでに努力値は満タンですから、以後どんな育て方をしても、ちゃんと育っていくはずです。学習装置をもたせて、自分は見ているだけで、強い相手からどんどん経験値をもらってしまっても問題ないことになります。
上手に使って強いポケモンにしてください。