ポケットモンスター エメラルド

色違いのポケモンになるのは、固体特有の数字（外から見てもわかりません）の組み合わせがいくつか重なり合った場合だと聞いたことがあります。
（金・銀時代は、明らかに個体値によりました）
そして、この値は、いずれも平均的なものであるようです。
したがって、色違いポケモンは、普通くらいの潜在能力のポケモンということになるのではないでしょうか？

一般に「強いポケモン」を育てたいと思ったら、
「このポケモンなら、特殊攻撃が高いほうがいい」
・・・とか、最初に考えるわけです。
で、多数の中から、特攻が高くなりそうな潜在能力があり、それを伸ばしやすくする性格のポケモンを選んで育てることになるでしょう。
しかし、色違いポケモンは、「性格」はともかく、どれかのパラメータがとびぬけて高くなるようなものではありません。
「強いポケモン」作りには不向きと言えるでしょう。

（逆に、めちゃくちゃ弱いポケモンともいえません。）

どちらかというと、色違いポケモンは観賞用のレア・ポケモンだと思います。

変わらないと思いますが

たぶん、普通より弱いって聞いたんですが・・・あんまりでないのでわかりません。

色違いも普通のポケモンも能力に変化は無いように感じます。