ファイナルファンタジーXI アルタナの神兵 拡張データディスク

そんなことはないです。普通に入れっぱなしにしています。

良いか悪いかで言うなら『悪い』です。
Wiiに限らず、本体にディスクを入れっぱなしにする行為はディスクを使うハード全てにおいて『危険な行為』になります。

本体にディスクが入っているだけの状態では、ディスクは完全に固定されておらず部品に引っ掛かって止まっているだけです。
この状態で本体に振動などを与えてしまうとディスクが傾いて本体に接触してしまう可能性があります。
もし、接触している状態で本体を起動させてしまうと接触している部分が擦れて、結果ディスクに傷が付いてしまいます。
PS2の時代とか非常にこの手のトラブルが多かったです。
Xbox（360も同様）に至っては本体の部品コストをケチった挙句、ゲームプレイ中に本体とディスクが接触してディスクが削れると言うトラブルさえ発生しています。

基本的に本体が起動している時はディスクが回転している為ジャイロ効果で水平で安定していますが、本体の電源が切れている時はディスクが回転しないので本体との接触の可能性が発生してしまう訳です。
こういったトラブルを発生させない為にも、ゲームを終了させる時にはディスクを抜いてパッケージに戻した方が安全です。
傷が付いたディスクはどのような事をしても『元に戻る』事は決してありません。
お金を出して買ったソフトを大切にする為にも、入れっぱなしは避けた方がいいです。
今まで大丈夫だからといって今後も大丈夫と言う保証は無いので物の扱いには注意しましょう。

必ず取り出さなければダメという訳ではありませんが、wii本体の
故障率は上がるようです。
なので、遊び終わったら取り出すのが無難かもしれませんね。
ちなみに僕は、遊び終わったら必ずディスクは取り出しています。

わざわざディスクをとるときずがついてしまうことがあるので
とんなくてもいいんじゃないんでしょうか。
僕は、Wiiの本体の電源を使い終わったら切るようにしてあります。
まあ、大切に使えば大丈夫だと思います。