たぶん、時代と、前作からの流れが違うからでしょう。
スーパーマリオ2は、難しいこと以外は前作と全く一緒です。操作性も、音楽も。そして割とゲームに必死になってやっていた時代でしたよね。スターフォースやスターソルジャーを必死で連射してたはずです。また、マリオ2以外に、他を見渡せば極悪な操作性もしくは内容・難易度のゲームが多く(例:魔界村、アトランティスの謎)、マリオ2は難易度以外は一級品と言って良い品でしたから、マリオにしてはいまいち、ぐらいの評価になったのだと思います。
これに対してヨッシーアイランドDSは全く違います。マリオ2と同じなのは前作が神ゲーであったということだけです。まずヨッシーシリーズは初代ヨッシーアイランドの後、がっかりゲーが続きます。それでも当時ヨッシーシリーズのファンであった人は、ほぼ初代ヨッシーアイランドのファンであると言っていいでしょう。ここまでの状況はスーパードンキーコング3が出てからのドンキーコングシリーズのファンと共通するものがあるでしょう。しかしドンキーコングシリーズは、リターンズが出たことで喝采を受けることになります。これだって激ムズゲーなのに。
初代によく似たヨッシーアイランドDSが出たとなれば、シリーズファンの生き残りの誰もが望んだのは初代ヨッシーアイランドの正当続編だったわけです。初代と全く同じじゃないと駄目というわけじゃありません。しかし任天堂製のヨッシーアイランドと、そうではないヨッシーアイランドDSは、シリーズのファンに言わせれば手触りが違うのです。殺され方が嫌みったらしくて、腹が立つんですよ。ものすごく似せようとしてるのは分かるんですが、やってみると別物感がありすぎるのです。マリオシリーズのファンの一部に、ソニックのトゲが出てきて殺されるのが嫌いだっていう人たちがいるんですが、ヨッシーアイランドDSはそれに近いんじゃないかと思います。マリオで穴に落ちるのと、ソニックのトゲは即死トラップとしては同じです。しかしマリオでジャンプ台で飛んだ先に避けにくい穴があったら、著しく評価を落とすと思います。マリオの穴は、落ちたら死ぬけれども、きちんと避けることは可能であるから、嫌われていないのです。それに対してソニックのトゲは走っていても最初は見えず、いきなり出てきて殺されます。このようなことが重なると、それは理不尽ゲーと評されるようになります。ヨッシーアイランドDSは、スクロールで殺されたり、煩雑な操作で忙殺されている間にダメージを受けたりして、手触りが違うのです。つまり難しいから低評価なのでは無く、初代と別物で、なおかつ面白くないから低評価なのです。ここに、同じぐらい激ムズなのに高評価なドンキーコングリターンズとの違いがあります。
以上のようなことから、期待感が失望に変わる形となり、ヨッシーアイランドDSは低評価となったのでしょう。