死因は、万魔殿での死闘により、ファントマにも深い傷を負ってしまったからです。
何故死ななければいけなかったのか。
実際の答えがどうなのかは分かんないんですが、僕が思うに、宿命でしょうね。
0組はアレシアにとっては真のアギト候補生だったわけですが、おそらくこれまでの輪廻でも何かしらの脅威が現れ、0組はその脅威に敗北してきたのでしょう。でなければ0組は無事アギトになって、実験も終了しているはずです。
今回(だけかは分かりませんが)は万魔殿、ルルサス、審判者という存在が現れ、またしても0組は敗北しかけるのですが、マキナとレムの力を借りることで、審判者を倒すことに成功しました。
ただし、アギトにはなれず、ファントマに傷を負い、死は免れないものとなってしまった・・・
アレシアは「また実験は失敗した」と思ったのですが、0組の強い意思により、時間は巻き戻されず、アレシアは人間にこの世界の未来を託すことにしました。詳しくは、二週目をクリアすると分かりますよ。
また、0組の魂は度重なる輪廻により変異しており、変異が限界を超えると、エトロのもとに還れなくなってしまいます。おそらくそうなると、輪廻出来なくなるんだと思います。
なのでアレシアは、そうなる前に0組の魂を一度エトロのもとに還す必要があった、という理由もあります。
エトロって何ぞや?と思ったら、不可視世界についての質問で、詳しく書かせていただきましたので、良ければ目を通してみてください。