サブストーリーは全部で123個です。
※122個のサブストーリーをクリアしヒットマン全員をクリアし1F7で覚える技を習得すると123個目の亜門が発生。
※亜門は上記クリア後に堅生会本部で伊吹に話を聞き、そしてチャンピオン街路地裏の南田と会話する。
龍が如く3は章限定のサブストーリーが幾つかあります。
昼限定や夜限定、章限定、また遥と一緒にいる時しか発生しなかったり神室町で力也と一緒にいる章のみ発生するのが有りますから、おそらく、これらを発生させていないと思います。
特に見逃しやすいのが以下だと思います。
4章限定の婚前旅行。
龍が如くシリーズのサブストーリーで恒例の秋元と美月のサブストーリー。遥と一緒にアサガオビーチに行くと発生。その後、公設市場2F ストーンマーケットに行き二人を見て、またアサガオビーチで宏次に話す。
この婚前旅行をクリア後にアサガオビーチに漂着したビンがあり「瓶詰めラブレター」と言うサブストーリーが発生しますが、この瓶詰めラブレターは昼限定で遥と一緒の時であり、4章か10章のみであり、このあと、また遥と一緒にいる時に遥に恋をし桐生と遥が夫婦と勘違いした少年のサブストーリーも発生します。
あとは神室町で力也と一緒にいる時の夜限定づ韓来で食事をしたあとにピンク通り裏にある龍神会館に入ると力也のハブの刺青に目を入れてくれるサブストーリーが発生します。
この力也の刺青の物語をクリア後に、またまた力也の物語である「同郷の女」と言うサブストーリーが発生します。
あとは伊達さんのサブストーリーや親子をつなぐ赤い風船や社長ゴルファー等 章の何と何の間のみしか発生しないと言うサブストーリーが幾つかあるので、これらだと思います。
あとは「琉球街のキャバクラ嬢」のサブストーリー。これは3人と仲良くなるだけで3つ達成となる。
小まめに色々、探索するのが秘訣です。