PSP版とPS3版はHD化されただけですので、中身に変更は一切ありません。私が実際に遊んでみて変わったなと感じたのはPS3版にはサントラが無料で付属していること、テキスト(文字)非常に読みやすくなっていることぐらいです。
PS VITA版は別メーカーによるリメイク作品(ライセンス提供下の他社による移植)なので、中身も色々と変わっています。公式サイトを見れば変更点は載っていますが、ご心配されている「最新作のvita版空の軌跡はシステムは古くてしづらくなる」に関してはプレイヤーによるとしか言えません。
閃の軌跡?ぐらいのシステムの充実度を求めているなら、物足りない感はあると思います。実際に空の軌跡の舞台であるリベール王国は近代化が進んでいるエレボニアやクロスベルやとは違って、のどかな田園地帯が一般光景な国柄(クロスベルのアルモリカ村や鉱山町マインツみたいな感じの場所が多い)。1作目ということもあり、システムやアイテム(クォーツ等の種類)も少なめ。
なのでそういう意味での物足りない感はあります。逆に言えば元となっているシステムは同じなのですんなりとプレイ出来るのは良い点かと思います。むしろPC版?PS3版まではなかったシステムやアイテムがリメイク版空の軌跡Evoには追加されているので、閃?まで遊んでしまったプレイヤーでももう一度どっぷりと物語に浸れるかと。
長々と書きましたが、とりあえずシステムが古すぎて遊べないってことはないとはないですよ。シリーズ初のフルボイス、零?閃?までとは違って「絆システム」関連がごっそりないので一見「キャラ性に物足りなさを感じるのでは…」と不安に思うかもしれませんが、実は逆です。
空の軌跡3作では絆システムの必要性が感じられないぐらいキャラ同士の繋がり全てがストーリー内に上手く組み込まれており、むしろそちらの方がブツ切り感を感じないので私は好きなぐらいです。迷っておられるかもしれませんが、シリーズが好きなら是非どうぞ。空3作プレイ後、伏線探しのおさらいでまた零?閃?と遊びたくなるかもしれませんよ。
他に何か気になること等、具体的にあれば補足でお願いします。