真・ガンダム無双

アルティメットモードは各作品のキャラクター達が絡んだりするショートストーリーで、オフィシャルモードとは違い、各ミッションに分岐点があったり目標が3つ設定されています。
また、ストーリーによっては目標とは違い先へ進むために条件があったり、制限時間内にそのストーリー内のミッションをクリアしないとゲームオーバーになるものもあります。
分岐点は一つクリアすると他の分岐したミッションが選択できなくなる場合が多いです。一度ストーリーをクリアすると選択できるようになります。
目標は各ミッションごと異なりますが、設定されている撃破数を稼いだ上でクリアしたり、特定の機体でクリアする、
制限時間内にミッションをクリアする、特定の難易度でクリアする、エース機を指定数撃破するの内の一種類です。
目標をクリアすることで貰えるカードもあるのでカードのコンプを目指すには必ずプレイしないといけません。
なお全てのアルティメットモードをクリアしないと難易度が変更できないので一周目で全ての目標をクリアするのは不可能です。