%表示になっているものは二つあるのですが、どちらか分からないので両方とも答えておきますね。
まず%が並んでいるのは属性に対する得意度のようなものです。
ネイティブは渓谷の鳥など、自然系のエネミーに与えるダメージが大きくなります。
ビーストはガウルなどの主に四足歩行系のエネミーに与えるダメージが大きくなります。
マシンは機械系のエネミーに与えるダメージが大きくなります。
ダークは主に最後の場所、暗黒神殿ででる敵に与えるダメージが大きくなります。
ちなみに0%はダメージに変化はないですが、25%以上になると効果が出てくると思います。
またフォトンアーツの名前の下にある%はその技を使った時の攻撃力や命中力の増減を表します。
簡単に言うと、攻撃力100%以上ならフォトンアーツを使うときに攻撃力が一時的にあがります。逆に攻撃力100%未満ならフォトンアーツを使う時に攻撃力が一時的に下がります。
命中力も上と全く同じです。
ですがフォトンアーツは数値よりも自分が使いやすいものを選ぶことをおすすめします。
とりあえず分からないならそこまで気にする必要性はないので、数値に惑わされないで自分自身の好きなようにプレイを楽しんでくださいね。