ナンバリング作品とEmpiresについては過去に同様の質問がされていますので、詳しいことはそちらをご参照ください。
簡単にご説明しますと、「戦国無双3Z」はWiiソフト「戦国無双3」とその追加ソフト「戦国無双3猛将伝」を足したものから任天堂とコラボした『謎の村雨城』というモードを削ったソフトです。
いわゆる無双系のナンバリング作品、ストーリーに沿って合戦を進めるゲームがしたいのであればこちらを選ぶとよいでしょう。
最新作の4は勢力別の無双演武(ストーリーモード)ですが、3Zまではキャラクターごとの無双演武となっています。
キャラクターを選択し、合戦をこなすことでストーリーを進めるメインモードの無双演武、好きなキャラで目標達成を目指す創史演武などで遊ぶことができます。
「戦国無双3Empires」は、無双キャラを使いマップ上で国取り合戦を繰り広げるという、シミュレーション要素を強化した派生ソフトです。
3エンパの場合は家ごとのストーリーに沿って進めるモードもありますが、史実に沿った流れは少なくオリジナル展開満載のおまけモードと考えた方がよいと思います。
基本的には内政をこなしながら進攻戦や防衛戦を繰り返して天下統一を目指すゲームです。
3エンパの独自要素として「箱庭」があり、内政で建物を建設して城下町を豊かにしていきます。
そういったシステムがお好きなら楽しめると思いますが、やや作業感がありますね。
また、ナンバリング作品で操作できるのはプレイアブルキャラクターである無双武将(+自分で作った新武将)だけですが、Empiresでは固有のグラフィックやモーションのない一般武将も操作可能です。
このように、同シリーズとはいえかなりゲーム性の異なるソフトですので、どちらが面白いか一概には言えません。
公式サイトなどでシステムをお調べになって、ご自分に合っていると思われる方を選ばれることをおすすめします。