ポケモン不思議のダンジョン 青の救助隊

ダンジョン出現の流れとしては、地底遺跡はそのルートの最後の１つになっています。
地底遺跡をクリアしたことで、新しく出てくるダンジョンというものはありません。

このゲームは、デオキシスまで（エメラルドまでのソフトで集められる、すべてのポケモン）、全部の種類のポケモンが登場します。
もし、まだ出会っていない伝説ポケモンがいるとしたら、別ルートで見逃している（もしくは、まだ攻略が終了していない）ダンジョンがあるのだろうと思います。