ファンタシースターポータブル2 インフィニティ

その通りです。
部位破壊とはディラ・ブレイヴァスやドラゴン、オルガディランの尻尾切りや、ギール・ゾークの甲羅、ダークファルス・ディオスのオレンジの部位の破壊のことです。

ちなみに、部位破壊によってボス箱が増えるのは、ディラ・ブレイヴァスの翼と尻尾、ギール・ゾークの左右のハサミと背中の甲羅、ダークファルス・ディオスのオレンジの部位（腹以外）です。私が知らないだけで他にもあるかもしれませんが…

長文失礼致しました。