モンスターハンター3（トライ）G

３Ｇの解析がまだなので３rdを基準にすると、

大連続 以外のクエストなら反映されます。
ナルガ３体討伐でも、３体共捕獲すれば、しっかり３体分の捕獲報酬が入ります。
１体捕獲で、２体は討伐だと、１体分の捕獲報酬しかはいりません。
又、モンスターが違う２体クエでも入ります。

要は、剥ぎ取りがモンスターの素材じゃないクエストでは反映されません。
【余談】
同種族の３体クエで、｢激運」｢捕獲の達人」のどちらかでもスキルに入ってれば、運にもよりますが、報酬が凄い事になります。
３rdでナルガ３体クエで｢激運」｢捕獲の達人」の両方にドリンクの激運で捕獲したら、基本報酬以外が全部埋まる現象があります

すいません。質問を誤解していました。

大連続は捕獲しても、捕獲報酬が出ないので、大連続以外の複数体クエで話をすると、

ナルガ３体クエで例えます。
１体捕獲で２体討伐だと、１体分の捕獲報酬が入るが、もう２体は討伐になるため、３体分の捕獲報酬は入りません。
部位破壊報酬は捕獲と討伐関係なく３体とも反映されます。

従って、ご質問の内容では、１体分の捕獲報酬しか入りません。
２体分欲しいなら２捕獲、３体分欲しいなら３体捕獲 しないといけないです。
因み、捕獲報酬の数はくじ引きの様な物で、運が悪いと少ない捕獲報酬しかならず、運が良いと、多い捕獲報酬が貰えます。例えば、３体捕獲で３体共１体づつの抽選行われますが、３体捕獲したからと言って、抽選運が悪いと｢３体捕獲したのにこれくらい？」となったりします。
決して、捕獲数で捕獲報酬数が増える訳ではなく捕獲報酬の抽選が増えるだけですので…確率の話しになります。

※最初に書いた返答も、理解してもらえたら幸いです。