ラチェット&クランク FUTURE(フューチャー)2

ラチェット＆クランクFUTURE２について質問です。
クリアした後、どうにも腑に落ちない部分がありましたので
分かる方がいらっしゃいましたら、ご回答頂けたらなと思います。 FUTUREのボス、タキオンによってロンバックスの大量虐殺が行われ、
生き残りのロンバックスのアジマスはグレートクロックを使い、
その過去を変えようとします。
ここで「過去を変えるべきではない」という意見のラチェットと
対立し、ストーリー上のラスボス戦に突入します。
過去を変えるというのは時間のバランスを崩しかねないという
危険を孕んでいる的な事を作中では描写されていました。

ここで質問です。
惑星モルクロンにてアゴリアンに侵略されているフォンゴイドに加勢し、
皆殺しにされたはずの過去を、大勝利という未来に変えてしまいます。
特に時間のバランスという事にも触れられていませんし、
惑星から脱出ついでに過去を変えてしまっている事にも
特に触れられていませんでした。
何か伏線があったのでしょうか？
何か見落としている描写があったのでしょうか？
意見や推測をご返答頂けると嬉しいです。