まずは通常入手でブルーとレッドを両方を使わない限り、全種類のデジモンを入手できないということをわかってください。下記以外の方法は改造等しない限り無理かと思います。後はバグとか…
Mバードラモン、グレイモン、スカルナイトモン、Dアックスモンのメロディの入手の方法は、
クリア後、デジタル空間が新たに出現するので「デジタルくうかん北」ヘ行きます。
※最初に開いているポートが「南」であることに注意。
ブルーのみで出現するMバードラモン、グレイモンまたは、レッドのみで出現するスカルナイトモン、Dアックスモンを倒してください。ドロップアイテムとして、倒したデジモンのメロディが手に入ることがあります。
※ただし、出現する箇所が決まっています。一度遭遇すれば、マップで出現場所が確認できるので便利ですがクエストでマップを入手する必要があります。南のポートからずっと一番左上の道を進み続ければいけるかと思います。(レッドで確認)
また、他のドロップアイテムとしてダークナイトモン(スカルナイトモンから)、メタルグレイモン(たぶんグレイモンから)のデジスコアが手に入ります。
※シャウトx3SD(赤で)とシャウトx3GM(青で)のデジスコアはクエスト「こだいの せきひの ふういんを まもれ!」の戦闘後にもらえます。グレイナイツモン(グレイモンの上にダークナイトモンが乗かったやつ)はクエスト「ゲームのくにの じゅうにんたち」の報酬で入手できます。
あとは自分のと別バージョンのゲームを持ってる人とメロディ交換をすればそろうはずです。
今現在公開はされてませんが、のちにデジメロディや、パスワードで入手可能になるかもしれません。おそらくならないとは思いますが…
余談ですがメロディ狩りにはダブルエッジを覚えるメガロガウラウモンや、ナックルファイアを覚えるフレイドラモンなどがおすすめかと。この二つの技はデジモンのメロディ化成功しやすい技で、デジフュージョンなどで習得する基本技のメロディ化を助ける技に比べるととても便利です。他にもあると思うので探してみてはどうでしょうか。(確かベビーバーナー[アグモン]もそうだった気が…)
長文失礼しました。。