ポケットモンスター エメラルド

え〜と・・・ミナモシティの東海上を、ホエルコで封鎖されていて、アクア団のアジトにも、まだ入れない・・・という状況なのでしょうか？

おくりび山の山頂で、おばぁさんから「マグマのしるし」をもらったでしょうか？

ロープウェイで山頂に行き、デコボコ山道を降りてくると、最初に行った時には入れなかった場所に入れるようになっています。
そこが「マグマ団のアジト」です。
まずは、それをクリア。

カイナシティの船着場に行くと、事件が発生し、アクア団に潜水艦をうばわれてしまいます。
この後で、ミナモの北東にあるアクア団のアジトに行けば、中に入れます。
クリアすれば、ホエルコによる海上封鎖が解けます。