ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊

その点は、よくわからないんです。

改造パスである「七つの秘宝」のダンジョンに行くことができるようになるパスを使った人の中に、成長したマナフィが帰って来るイベントが発生しなかった・・・という報告もあるし、ちゃんと帰って来ましたという報告もあるわけです。
改造パスにも、いろんな種類があったからなのか、利用したのがどの時点であったのかで違いが生じたのか、正確なことをまとめている人がいるかどうかわかりません。

現時点では、公式に「七つの秘宝」のダンジョンに行くためのパスが発表されているわけですから、改造とわかっているパスには手をださない・・・ということで充分回避できる問題ですし。