どちらが強いか、という質問については正直武器そのもののカテゴリが違うので、簡単な比較は出来ません。
どちらの武器についても長所も短所もあるので、キャラに合わせてどちらの武器を選択していくか、という形になるかと思います。
ただ、単純に火力という点で言うなら、完全に【グレートソード】に軍配が上がります。
とりあえず、比較しても知識がないことにはどうしようもないと思うので、質問者様が自身で判断するために両武器の特徴を列挙。
【黒竜の大剣】
いわゆる「補正なし・高数値」の武器。
他の黒竜シリーズの武器も同一だが、同カテゴリの中では高い基本攻撃力数値を持つが、その代わり補正値がないので該当ステータスによる威力増加の恩恵が一切受けられない。
反面、ステータスに頼らないニュートラルな火力を得られるというメリットや、派生+エンチャでさらに火力を伸ばすことが出来る点で言えば、スペルをメインに使う魔法使い・闇術使いなどには有用。……もっとも高レベル帯の何でも出来るマンになってくると、その有用性も大きく低減するのだが。
大剣カテゴリの中では標準的な重量だがリーチもこれといって長いわけではない。
また、本来であれば補正値が大きく下がる粗製派生をしても補正値が全くないので下がる余地がなく、物理キャラが使う分でもステータスに寄らない火力を得られるので、極振りしてないSL帯だとそれなりに高い利用性がある。
難点は、同武器カテゴリの中では入手が面倒なことと、強化も竜の骨の化石でしづらいということ。
特に入手に関しては竜誓約による対人戦をこなさなくてはならず、一定数の勝利で誓約アイテムを捧げる必要があるので、対人が苦手な人には入手が困難となる。
【グレートソード】
ザ・脳筋ソードともいわれる特大剣の代表格。
特大剣カテゴリの中では極めて使いやすい部類ではあるが、特大武器だけあって重量はそれなり。しかしそれを補って余りある補正とリーチ、対人・攻略の両面で使えるという利便性がある。
グレートソードの愛用者からすれば欠点らしい欠点が重量とスタミナ消費以外にはないくらいに万能的で、私個人としてもこれ一本あればソロで一蹴クリアするくらい余裕、といえるくらいの一品。
とはいえ、これの火力をたたき出すには脳筋近接ビルドが必要になってくるため、魔法使いなどスペル攻撃系、あるいは技量戦士としてビルドしているキャラには不適当な武器であるため、それらのキャラに関しては不要の長物。
しかし、両手持ちではパリィもされず、また最新のアップデートによって短剣のスタブ威力が下げられ、特大武器のスタブ火力が上がったことで有用性も上がっており、リーチに加えて広い攻撃範囲も持っているなどその有用性はかなりのもの。
強化も通常の楔石であるため容易に強化でき、筋力最終補正値はSに届くため、脳筋が使うなら黒竜の大剣なんて比較にならないほどの火力が飛び出す。
特大武器なので両手持ちだとパリィもできないというのも対人でのメリット。
難点は、やはりスタミナ消費とその重量だろう。またある程度モーションを理解し扱いに熟知しないと容易に回り込まれてバクスタを取られたり、スタミナ管理が甘く、攻撃の間を突かれ、なんてことも大いにあるので、扱う場合はきっちり使い込んで習熟していきたい。
といったところ。
ちなみに黒竜の大剣を使うのであれば、クレイモアあたりを派生強化+エンチャしたほうが利便性も高く、強化もしやすいのでオススメです。