自信がないんで、あんましあてにしないで読んでもらいたいんですが・・・
サガフロンティアを利用して、画面移動に関するバグを発生させることで、シナリオ上エアリスが死んでしまう地点より先の場所まで行ってしまうことができるとされています。
このバグは、他のソフトでもできるものがあったらしいのですが、たいていうまくいかず、サガフロンティアだけで普通にゲームが動いていくみたいなんですね。
つまり、エアリスが死ななくてもいい別のシナリオが隠されているのではなくて、シナリオは普通に進行するけれど、使えなくなっているはずの彼女を最後までつれていける・・・というバグなんです。
詳しいことは、裏技の場所にいくつか投稿されているんで、そちらを参考にしてもらいたいです。
http://jp.wazap.com/cheat/%E3%82%A8%E3%82%A2%E3%83%AA%E3%82%B9%E3%82%92%E6%9C%80%E5%BE%8C%E3%81%BE%E3%81%A7%E4%BD%BF%E3%81%86/115755/ など
で、チョコボの不思議なダンジョンなのですが、そのソフトにはおまけで不思議なデータディスクだったか・・ちょっとおもしろいデータが入ったソフトが同梱されておりまして、その中にFFVIIのアイテムが簡単に入手できるデータなんかもあったわけです。
サガフロンティアのバグを利用すると、途中で行くことができない場所ができてしまい、そこで入手するはずのアイテムなどが手に入らない可能性があるわけです。
それがいやだ・・という場合、アイテムならチョコボのおまけで入手できる・・・という話になるんじゃないかと思っています。