ポケモン不思議のダンジョン 時の探検隊

リーダーもパートナーも、普通にレベルＵＰするゲームです。
もし、その２体だけがレベルＵＰしないのであれば、なんらかのバグが起きておりますから、メーカーさんに相談したほうがいいです。

「レベルＵＰ」でなくて「進化」の話であれば、エンディングを見て、ギルドを卒業しただけでは無理です。
シナリオがすすまないと、リーダーとパートナーだけは進化させてもらえません。
また、進化に特定のアイテムが必要なポケモンもいますから、そういうポケモンがリーダーもしくはパートナーである場合には、アイテムを入手しておく必要もあります。
（ピカチュウにかみなりの石とか）

ダークライ問題が解決していて、進化アイテムも持っているのに、進化がおきない場合はバグでしょう。

普通に経験値を稼げばレベルアップできます
オススメの場所は水晶の洞窟、上級者なら底なし海です
主人公かどうかに関係なく、レベル100になっていると経験値が入らないのは仕様です
進化の事ならなおすけさんの答えを参考にして下さい