ポケットモンスター エメラルド

アニメの事ですか？
最後も同じように吹っ飛んで終わりました

ゲームでの話ですよね…
金・銀・クリスタル版では、ロケット団を倒した後もロケット団がひそかに活動を続けていた…という事だったと思います。
ルビー・サファイア版では、マグマ団およびアクア団が出て、ロケット団は出てきませんでした。
ファイアレッド・リーフグリーン版では、ロケット団は主人公にやられた後、解散した…みたいな感じ。
エメラルド版では、マグマ・アクア団がどっちも出て、これもロケット団は出てきませんでした。
ダイヤモンド・パール版では、ギンガ団というのが出るみたいです。
うるおぼえなのですが、アニメでは「ロケット団」「マグマ団」「アクア団」が出て、ロケット団＋マグマ団ＶＳアクア団みたいな感じでした。

ピカチュウをゲットしようとして、欲が出てエレキブルをゲットしようとしたら、雷パンチで吹っ飛ばされました
サトシがシンオウ地方に向かうときの船に最後にしがみついてましたが

おそらくサトシが乗っている船にしがみついて
ついて来ているという事は、おそらく「新アニメポケットモンスターダイヤモンドパール」
でも登場すると思われます。