ファンタシースターポータブル2 インフィニティ

>∞ミッションでボス箱から出る虹箱が目当てのときは、特殊効果や地形は無視して、ボスのレベルができるだけ高くプレイ時間が☆２の∞ミッションをするのがいいのでしょうか？

そうですね。
欲を言えば小型の敵が出やすい物を選んだり敵HP×0.8倍を付けるといいです。
更に敵Lv.＋25以上なら＋49とドロップテーブルも同じなので敵が弱い分楽です。

>∞ミッションで敵のレベルを249より高くできるのですか？

できません。
チート品には特殊効果で敵Lv.＋50というのがありますが、あくまでもチートなので普通のプレイでは不可能です。