新・世界樹の迷宮 ミレニアムの少女

ハイランド地方の部族「ハイランダー」の青年である主人公は、ある依頼を受けて、エトリアの街へ赴くことになる。
頼まれた内容は「エトリア周辺の怪異を調査して欲しい」というものだった。
怪異の兆しである激しい地震と謎の怪音を追って、謎の遺跡を探索することになった主人公はそこで記憶喪失の少女”フレドリカ”と出会う。
さらに自分同様に怪異の調査に来ていたミズガルズ図書館の調査隊の三名「サイモン」、「アーサー」、「ラクーナ」とも出会った主人公は、遺跡と、その調査のために必要な世界樹の迷宮の調査をその４人と共に進めることになる。
果たして怪異の正体とは？
…すべてのカギは少女の記憶の中に眠っている…