詳しいゾイド一覧表

ゴジュラス2
ゴジュラスＭＫ−?U量産型を指す。

ゴジュラスS
ゴジュラスＭＫ−?U限定型を指す。なおＧＢゾイドの機体解説は一部を除き旧シリーズのものである。

ケンタウロス
ウルトラザウルスの胴体にゴジュラスの上半身・サラマンダーの翼（若干大きい）・ゴルドスの背鰭を合体させた改造ゾイド。ゾイドバトルストーリー３にてヘリック大統領自らが親衛隊長のローザと共に搭乗、デスドッグと戦闘を行った。

グレートザウルス
共和国軍大型メカ用改造セットにより改造されたウルトラザウルス。長距離キャノン砲2門・キャノンビーム砲2門・4連速射砲を装備。

サラマンダーF2
高速機動隊仕様のサラマンダー。F2とはファイティングファルコンの略である。旧シリーズ後期にサラマンダーの改造バリエーション（？）としてキット化された。

マーキュリー
共和国軍大型メカ用改造セットにより改造されたサラマンダー。長距離キャノン砲2門を装備。

レッドバロン
高速迎撃仕様のサラマンダー。

ブラックバード
早期警戒・夜間戦闘仕様のサラマンダー。

シャイアン
共和国軍大型メカ用改造セットにより改造されたゴルドス。長距離キャノン砲2門・4連速射砲を装備。

スノウマンモス
寒冷地仕様のマンモス。ゾイドバトルストーリー3にて雪山でデスザウラーを足止めしている。手元の資料には「アイスマンモス」と表記されており「スノウマンモス」の出典は不明。

マンモス2
共和国軍大型メカ用改造セットにより改造されたマンモス。長距離キャノン砲2門・4連速射砲他を装備。

コマンドウルフ2
ＭＫ−?U仕様のコマンドウルフ。ゾイドバトルストーリー3に登場。追加装備は不明。

ディバイソン2
ＭＫ−?U仕様のディバイソン。ゾイドバトルストーリー3に登場。共和国軍大型メカ用改造セットの長距離キャノン砲を3門装備。別称が存在するらしいが詳細は不明。

シールド2
シールドライガーＭＫ−?Uを指す。

いどうトーチカ
移動トーチカタイプのグスタフ。

ボルヘックス
巨大電磁砲仕様のゴルヘックス。

サイトヘックス
観測用仕様のゴルヘックス。

マインレイヤー
川岸部隊仕様のバリゲーター。

クラフトゲーター
工作隊仕様のバリゲーター。

プロトスネークス
試験部隊仕様のスネークス（ステルスバイパー）

キャノントータス
超砲身仕様のカノントータス。

サプリトータス
給弾車仕様のカノントータス。

アイアンコング2
アイアンコングＭＫ−?U量産型を指す。

アイアンコングS
アイアンコングＭＫ−?U限定型を指す。

デスドッグ
4足歩行タイプに改造されたデスザウラー。ゾイドバトルストーリー3にてケンタウロスと交戦するも相打ちに終わる。

デスザウラー2
帝国軍大型メカ用改造セットを装備したＭＫ−?U仕様のデスザウラー。高起動実験機タイプと同一であるかは不明。

セイバー2
帝国軍大型メカ用改造セットにより改造されたセイバータイガー。大型ビームランチャーを装備。

グレートセイバー
アサルトユニットを装備したセイバータイガー。ゾイド公式ファンブック2のバトルストーリーにも登場。（コロコロ掲載時はこの名称であったがファンブックではセイバータイガーＡＴに変更された）旧シリーズにも同様の武装を持つ「グレートサーベル」という機体が存在している。

レッドホーン2
帝国軍大型メカ用改造セットにより改造されたレッドホーン。ウィングベースを装備。

アサルトホーン
強行突撃型のレッドホーン。

ディメトロドン2
帝国軍大型メカ用改造セットにより改造されたディメトロドン。大型ビームランチャーを装備。

グレートロドン
重装仕様のディメトロドン。

ミサイルトロドン
地対空ミサイル装備仕様のディメトロドン。

ヘビーイグアン
重装仕様のイグアン。

レーダーモルガ
情報隊仕様のモルガ。

ブラキオクレーン
補給部隊仕様のブラキオス。

ヘビーブラキオス
重装仕様のブラキオス。

ランディック
水陸両用強化タイプのウオディック。

バーディック
飛行試作機のウオディック。

たいくうザットン
対空砲仕様のザットン。

クレーンザットン
補給隊仕様のザットン。

こうくうシンカー
高高度試験仕様のシンカー。

たいくうマルダー
対空自走仕様のマルダー。

ゲルドーザ
高速装甲戦闘ブルドーザタイプのゲルダー。

ヘビーゲルダー
試作重装仕様ゲルダー。

ヘビーパンツァー
重戦仕様のシーパンツァー。

プロトパンツァー
試作仕様のシーパンツァー。

マークシュトルヒ
小隊長機のシュトルヒ。

ナイトシュトルヒ
早期警戒用のシュトルヒ。

レディファントマ
早期警戒用のゲーター。

アウェアキャット
強行偵察仕様のヘルキャット。

プロトカーチス
試作仕様のサイカーチス。

サイドーザー
工作隊仕様のサイカーチス。

ハンマーロック3
ＭＫ−?V仕様のハンマーロック。

プロトホーン
試作仕様のツインホーン。

ブレードコング
コロコロコミック2000年4月号の新型ゴジュラス・コングの読者応募で選ばれたコング。

フォレスト
同じく読者応募で選ばれた新型ゴジュラス。正式名称は「ディープ・フォレスト・ゴジュラス」