演出・登場キャラが変わる

００７９連邦の「ラストリゾート」にて。
パイロットを「シローアマダ」にして、普通にミッションを進めていく。すると
・アプサラスのパイロットがアイナ・サハリンではなく、ギニアス・サハリンになっている。
・友軍機のジムスナイパーをロックオン・破壊ができるようになっている。
・アイナ・サハリンが乗るザクが友軍機として登場する。
といった違いが出てきます。

００８３連邦orアクシズ「駆け抜ける嵐」にて。
連邦の場合･･･パイロットを「コウ・ウラキ」機体を「デンドロビウム」
アクシズの場合･･･パイロットを「アナベル・ガトー」機体を「ノイエ・ジール」

これで普通にミッションを進めていくと、最後のステージに入る前にウラキとガトーのやり取りが見られる。
これはパイロット・機体どちらかが違ったら出てこない。

零崎な狙撃手さんの情報です。↓
００７９連邦「強行突破作戦」にて。
パイロットを「アムロ・レイ」機体は自由で。
コンスコンのムサイを落とすルートに進む。
すると、リック・ドムを落とすたびに「１つ！２つ！３つ！」
というアムロのカウントの声が聞こえる。