フリーデュエルのキャラ

九十九遊馬
神代梁牙
天城カイト
アストラル
観月小鳥
武田鉄男
等々力孝
表裏徳之助
キャッシー
神代璃緒
オービタル7
ゴーシュ
ドロワ
Dr.フェイカー
香月アンナ
ゼアル
スリー
フォー
V
トロン
闇川
No.96
ギラグ
アリト
ミザエル
ドルベ
ベクター
真月零
天城ハルト
エスパーロビン
国立カケル
油圧ショーベェ
矢最豊作
九十九明里
チャーリー・マッコイ
速見秀太
ドッグちゃん
花添愛華
羽原海美
蝶野さなぎ
九十九春
オボミ
三沢六十郎
北野右京
セイ
サチ
風也の母
忠吉
国立カズ
国立ヒデ
羅色光道
天地無法
四星焔児
世野中忍
硬乃玄太郎
オボット1号
オボット4号
オボット18号
オボット39号
オボット573号
真黒遊次
憂座伴
門揃エル
佐久里ハイス
揖斐リチュア
騎士賀愛
陽元コロナ
青海鱗小
壇材正人
黒門暗次
兎角アキラ
爬村類
十文字武
帝野皇一郎
河合マキナ
エンジェラ・カラット
ゾフィー霧崎
神導魔希子
光焔ねね
善羽麻衣

九十九遊馬と神代梁牙と天城カイト以外はストーリーモードで1度デュエルすればフリーデュエルでデュエルが可能になります。
各キャラの全てのデッキに勝利するとストーリーモード選択可能キャラはエースモンスターのデュエルフィールドが貰えて他はキャラのカードプロテクターやデュエルフィールドが貰えます。それぞれのキャラが持つデッキは1つから3つです。フリーデュエルでのキャラ選択画面での星の数がデッキの数でもあります。