いろいろな裏技

特殊周波数
１４０．０７に合わせるとスタッフの声が、１４０．６６をウルフと戦っていない時の通信塔奥の大雪原、戦車と戦っていない時の雪渓谷、ウルフを倒した後の通信塔の通路で周波数を合わせると隠しＢＧＭを聞くことができる。
メリルの下着姿
戦車格納庫Ｂ1で独房をのぞく時、局長を救いださずにダクトから出てメリルの独房に戻るという動作を繰り返していると、下着姿になる。
メリルの下着姿２
メリルと合流する女子トイレでスネークがトイレに入って５秒以内にメリルとの再開イベントを発生させる。
メリルが照れる
主観視点でメリルを見つめる
メリルがキレる
メリルを攻撃する
オオカミに襲われない
メリルに反撃されたところが洞窟で、この時に段ボールを装備していると狼犬におしっこを引っかけられるが匂いがついて狼に襲われなくなる。
ＶＲ忍者モードの追加（スネークを助ける）
「ＢＩＧ　ＢＯＳＳ」「ＦＯＸ」「ＤＯＢＥＲＭＡＮ」「ＨＯＵＮＤ」のいずれかの称号を得ているか、本編クリア時にクリアデータをポケステにダウンロードし、７日間以内に５人のクリアデータを集める。（前述の４つの称号を得ているデータを受け取った時点で人数分のデータは必要なくなる）そうするとＶＲディスクのSpecial modeにＮＩＮＪＡが追加される。
フォトグラフモード
クリアすると、ＶＲディスクのエクストラに追加される。
敵の配置が変わる
本編のクリアデータがあると次のプレイからは敵の配置が変わる。難易度をＬ２とＲ２を押しながら決定すると通常配置になる。
主観移動可能モード
ゲームを１回でもクリアするとスペシャルに追加される。
デモシアターモード
ゲームを１回でもクリアするとスペシャルに追加される。
タキシードのスネーク
メリルと脱出編、オタコンと脱出編の２ルートをクリアすると３周目で服装が変わる。
忍者モードを簡単に
メタルギアソリッドインテグラルでクリアしたあと、ポケステにダウンロードする時、そのポケステのＩＤをファイル名に入力すると、ポケステにBIGBOSSのデータが入っているので忍者モードが簡単にできる。
Ｃ４爆弾の使い方
一部の監視カメラの下にＣ４爆弾をセットして爆発させるとカメラが壊せる。スティンガーミサイルでもできます。しかも、多い所では連鎖が起こります。（スティンガーの場合）