Ωボス出現時

まれに、特定のエリアに入ると本来のＢＧＭではなく、不気味なＢＧＭが流れることがあります。これはそのエリアにいるΩボスが出現する前触れで、ワーニングポップアップが出たら必ずΩボスと戦闘してしまう事になります（他エリアに入った場合はその限りではない）。しかも、そのΩボス戦に入った後は逃げられません。しかし、それに負けてしまってもゲームオーバーではなく、ボス遭遇地点からＨＰ１でのスタートになります。
Ωボス出現するかしないかは、ウェーブイン毎に決まるようで、ワープホール間を移動するだけだとか、電脳にサーバーインしてサーバーアウトを繰り返すとかではダメなようです。狙ったエリアでＢＧＭが変わらないようであれば、もう一度ウェーブアウトしてウェーブインし直す必要がある。...と言うことです。
なお、ＢＧＭが変わったところでセーブをして、電源を入れ直しても、出現条件はリセットされてしまいます。それに、Ωボス戦闘後にサーチアイを使っても、サーチによる2度目は出会えません。つまり、好きな時に戦うことはできないってことになります

追記になります
上記で「ウェーブイン毎に決まる」と書きましたが、間違いでした
私の場合「コダマタウン」→「１Ｆろうか」→「かがくぶぶしつ」→「おくじょう」→「かがくぶぶしつ」→「コダマタウン」の順にエリア探索していたところ、最後のコダマタウンに戻ってきた時にＢＧＭが変わっていました
他にも「シーサーアイランド」→「ビーチ」→「ドラゴンぞうの電脳」→「ビーチ」の順にエリア探索し、ドラゴンぞうの電脳から出た時のビーチのＢＧＭが変化しました

間違えた情報を記載してしまい、申し訳ありませんでした