以下のキャラでストーリーモードをクリアすると、それぞれの隠れキャラが使用可能になる:
九葵蒼志狼: 九鬼刀馬。
覇王丸: 命。
乱鳳: 眠兎。
七座灰人: 陀流磨。
臥龍: ター・ションマオ。
服部半蔵: 伊賀忍軍。
サヤ: 朧衆。
花房迅衛門: お侍。
榊銃士浪: ゴロツキ。
十六薙夜血: 無限示。
命: 幽堕。
すべてのキャラ(隠れキャラを含む): 九皇蒼志狼。
九葵蒼志狼: 九鬼刀馬。
覇王丸: 命。
乱鳳: 眠兎。
七座灰人: 陀流磨。
臥龍: ター・ションマオ。
服部半蔵: 伊賀忍軍。
サヤ: 朧衆。
花房迅衛門: お侍。
榊銃士浪: ゴロツキ。
十六薙夜血: 無限示。
命: 幽堕。
すべてのキャラ(隠れキャラを含む): 九皇蒼志狼。