ゲームを一度クリアすると、1周目に進んだシナリオに応じて、2周目ではシナリオが以下のように変化する:
「強襲分艦隊ルート(ゴースロス救出成功)」の場合は、ステージ「帝都防衛戦」のシナリオが変化して、ステージ「出現」が終了したら「破壊」に進む。
「特務艦隊ルート(連絡艇を回収するか、ゴースロス救出失敗)」の場合は、ステージ「ハイド門」のシナリオが変わる。
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